水库运行以来，管理局依据《陕西省水工程管理条例》和水利部《土石坝养护修理规程》要求，坚持“经常养护、定期维修、养重于修、修重于抢”的原则，随时清除工程表面的缺陷和损伤，认真修复毁坏的工程及设施，保证了枢纽工程的安全、完整和正常运行。

　　石头河水库工程安全检查分为日常检查、年度检查、特别检查和定期检查等四种类型。

　　由枢纽工程管理处组织专业人员进行常规性的检查和巡视。汛期每周检查2次，非汛期每周检查1次。

　　由管理局组织专业人员进行年度性的全面检查，每年汛前（3月下旬）和汛后（11月上旬）各检查1次。

　　当枢纽工程遇到暴雨、大洪水、有感地震等突发情况或发生较大工程事故时，由管理局及时组织有关专业技术人员进行非常规性的特别检查。

　　定期检查，每5年进行1次。邀请设计、施工、科研和运行等有关单位专家和技术人员参加，检查评定工程结构性态和安全状况，并提出改进意见。由管理局建议省水利厅组织。

　　（3）定期清除泄洪洞、输水洞内的石块和其他杂物，保持过水表面光滑、平整，如出现坑洼、剥落和空蚀现象，及时修复。

　　（4）保持排水、导渗设施完整、畅通，如出现断裂、淤积现象，及时掏空与清理。

　　（9）监督并制止在水库管理和保护范围内进行爆破、炸鱼、采石、毁林开荒等危害工程安全和水土保持的行为。

　　（一）修理规定工程修理分为岁修、大修、抢修。岁修工程一般由枢纽工程管理处提出方案，经管理局批准后，在确保工程质量的前提下，自行组织施工；大修及除险加固工程由工程建设管理处编制修理计划维护工程，经管理局研究后，报省水利厅审批；凡是重大工程项目，管理局委托具有相应资格证书的设计单位设计，同时实行项目负责制、施工招投标制和建设监理制。

　　1986年10月20日～11月30日，对输水洞工作闸门进行了第一次大修，其主要项目为：门叶除锈刷漆；更换止水橡皮；清洗、调试蜗轮和安全联轴节；整修、更换电器元件。

　　1988年初，拦河坝背水坡0+060～0+090米段表层干砌石护坡发生“鼓肚”、滑塌。当年9月至次年5月，对破损部位采用浆砌石网格加固的方法进行了处理。加固面积500平方米，投资14.34万元。维修后，护坡表面平整坚固，运行效果良好。

　　泄洪洞工作弧门启闭机减速器因产品质量差，造成齿轮啮合不好，工作状态不稳定。1990年5月更换减速器2台，至今运行良好。

　　1990年10月初，库水位达790.6米时，进水塔工作门井南墙759～790米高程范围内普遍渗水，783米高程上下有4个小孔向墙水，平均射程1.5米。1991年8月采用高标号环氧细石混凝土对射水孔进行了封堵处理。

　　1990年8月，消力池0+105.5～0+134.5米段底板和侧墙产生不同程度的冲刷破坏；0+101.5～0+109.1米欧基曲线段混凝土表面呈蜂窝麻面状；0+109.1～0+117.5米段混凝土表面损坏，石子外露，出现均匀分布的小坑；0+117.5～0+122.5米段表层钢筋冲坏，出现5个大小不等的深坑，最大深度80厘米；0+122.5～0+130.5米段底板混凝土保护层破坏，面层钢筋外露、扭曲而且严重锈蚀；0+114～0+132.5米段1米以下的侧墙均被冲蚀，最大深度11.5厘米，局部钢筋外露。1994年3月，按原设计对消力池水毁工程进行了修复加固，至今运行良好。

　　1992年汛末，泄洪洞0+345.09～0+349.95米段混凝土底板产生冲刷破坏，面积约3平方米，最大毁坏深度10厘米；另外，12.5平方米底板出现“空鼓”。1996年4月15日至5月30日，对输水洞水毁底板进行了修复，处理面积17.4平方米，浇筑环氧混凝土1.09立方米。

　　1994年4月20日，当库水位达到769.48米时，迎水面干砌石护坡产生13个大小不一、深度不等的塌坑，表面最大面积1.5平方米，最大深度1米左右。当时按原设计方案进行了修复。

　　1996年4月30日，在坝顶0+203米处，出现一处洞坑，洞口直径0.3米，斜深1.2米。此年6月，查明了洞坑形成的原因，并进行了修复，回填土石方4.1立方米。

　　1997年8月，大坝右岸迎水坡0+440～0+502米段在高程759～775米范围内出现“之”字形裂缝，最大宽度8厘米，最大深度40厘米，累计长度180米。此年10月14日省水利厅组织专家进行了现场查勘，查明了裂缝形成的原因。次年3～4月对裂缝进行了处理。

　　1998年8月21日泄洪洞泄流量达653立方米每秒时，右侧墙0+280米处被冲毁，水毁面积15平方米，最大深度0.3米，墙内配筋全部外露变形，下游墙侧、墙顶及竖向施工缝向外渗水。2002年4月23日至5月31日，对水毁面进行了修复。